Die Stadt Magdeburg hat eine lange Fußballtradition. Die neuere Fußballgeschichte beginnt 1945. Vorgängervereine wie die SG Sudenburg und Lemsdorf vereinigten sich zur SG Einheit Sudenburg. 1950 erfolgte der Anschluss an die SAG Krupp-Grusson, die 1951 in Stahl Magdeburg und 1952 in Motor Mitte umbenannt wurde. 1957 wechselte die Fußballabteilung von Motor Mitte zum SC Aufbau Magdeburg, der im Juli 1965 den Namen SC Magdeburg erhielt. Am 22.12.65 wurde aus der Fußballabteilung des Sportclubs der 1. FC Magdeburg gegründet.

In dem wohl erfolgreichsten Jahr des FCM führte der damalige Trainer Heinz Krügel die Mannschaft 1974 zum größten Triumph, den eine DDR-Mannschaft jemals errungen hat: den Gewinn des Europapokals der Pokalsieger. Im Endspiel in Rotterdam am 8. Mai 1974 wurde der AC Mailand mit 2:0 besiegt. Dreimal - 1972, 1974 und 1975 - wurden die Spieler aus Magdeburg DDR-Meister. Zwischen den Jahren '64 und '83 stand der Club siebenmal im Finale des FDGB-Pokals und gewann jedesmal!

Die Heimspiele trägt der FCM seit Dezember 2006 in einer reinen Fußballarena aus. Die Avnet Arena fasst rund 30.000 Zuschauer.

Im Frühjahr 2017 wurde auf einer außerordentlichen Mitgliederversammlung seitens der Mitglieder des 1. FC Magdeburg e.V. die Neuausrichtung beschlossen. "Mit Herz und Verstand"​ hatten sich die Mitglieder mehrheitlich für die Ausgliederung der Profiabteilung ausgesprochen. Seither besteht diese als 1. FC Magdeburg Spielbetriebs GmbH, Geschäftsführer des 1. FC Magdeburg sind Otmar Schork und Martin Geisthardt.

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